会計検査院は「
行政機関」ではあるが、内閣に対し独立の地位を有する機関である(日本国憲法第90条第2項、会計検査院法第1条)。また「行政機関」であるということは
立法・
司法のいずれにも属しないということであり、結果として
国会・内閣・
裁判所の三権のいずれからも独立していることとなり極めて特異な
国家機関である。さらに会計検査院の検査権限は内閣及びその所轄下にある各機関のみならず、国会(衆・参議院)・最高裁判所をも含む
すべての国家機関に対して当然に及ぶ。この検査権限は、内閣所轄下にある
人事院・
内閣府および各省庁、およびこれらに置かれる
行政委員会といった一般的な行政機関の権限とは際立った違いを有している。それにもかかわらず、会計検査院は
財務省の一部局であるとしばしば誤解されている
[西川 (2003) 、146頁(第4章『会計検査院とはいかなる役所か』、2『会計検査院のしくみ』、『「特立ノ地位ヲ有ス」官庁』)。]。会計検査院は、最も国民に理解されていない
日本の国家機関の1つであると指摘される
[西川 (2003) 、146頁(第4章2『「特立ノ地位ヲ有ス」官庁』)。さらに、本書は以下を出典としている。宮川公男『会計検査研究』「会計検査院への期待の高まりに寄せて」第二一号(2000年) 5頁。]。